Prefektura Rethymno se pyšní celou řadou archeologických nálezů, které se datují od doby kamenné až do období římského a raně křesťanského. Tyto památky naznačují nejen to, že oblast byla geograficky důležitá, ale také to, že nepřetržitě vzkvétala a nakonec dosáhla ekonomické a intelektuální špičky.

V oblasti byly objeveny památky po minojské kultuře, římských městech či helénistickém období. Do dnešní doby bylo objeveno až 350 archeologických nalezišť – mnoho z nich však není možné navštívit.

K významným archeologickým nalezištím patří např. místa Elefterna, Monasteraki, Lappa, Syvritos, Axos, Apodoulou, Stavromenos, Ideon Antron či Armeni.